醫療保險的不斷完善與發展是我們國家一直以來所關注的，其中醫療保險管理人員隊伍和處理能力建設是提高醫療保險質量和運行效率的核心。經辦人員的積極性取決于合理的管理模式和相應的制度安排。由于法律地位和職能的錯位，目前醫療保險代理機構并不是真正的“保險人”。在實現我國醫療保險機構法人化經營的基礎上，一方面要實現保險公司法人治理結構的獨立化。另一方面，積極引入市場機制和競爭機制，引入外部真正的“保險人”，推動醫療保險代理機構改革，促進競爭，實現由單一“保險人”向“多個保險人”的轉變。
醫療保險作為一種保險機制，要求在財政上能夠保持自我平衡。一般來說，保險財政的平衡應該由一個獨立的主體來負責，從而實現保險金融相對于政府財政的獨立性。因此，醫療保險經辦機構應獨立負責保險基金的運作。
只有如此，醫保經辦機構才有足夠的經濟激勵在醫保基金籌集、定點醫療機構協議管理、支付方式改革以及醫療費用審查支付等方面充分發揮能動性，以最大限度發揮醫保基金的使用效率，并確保醫保基金的可持續發展。
目前我國醫保經辦機構在法律上定位是執行醫保行政事務的事業單位。根據社會保險法第八條及其他相關法律法規的規定，我國醫保經辦機構的職能主要包括以下幾個方面：醫療保險登記;保費的核定征收;定點協議管理;醫療費用審查支付;醫保基金預決算草案的編制;醫保相關信息的收集與提供。根據上述法律定位，目前我國醫保經辦機構作為第三方履行支付的職能，形式上具有“保險人”的地位。
然而，在實踐中，醫保經辦機構的法律定位與其職能存在錯位，即經辦機構事業單位的法律定位與其形式上的“保險人”地位存在偏差，這突出體現為其不是真正的“保險人”。具體而言，醫保經辦機構并非醫保基金的產權人或者占有人，其以行政劃撥經費為責任財產，并不對醫保基金運營的盈虧承擔責任。同時，醫保基金的匯集與使用采取預決算方式的公共財政運作流程，經辦機構僅為預、決算的執行機關。
在實踐中，我國醫療保險經辦機構的管理還是存在著一些問題的，醫療保險行政管理部門與機構之間存在著事實上的行政隸屬關系。醫療保險行政管理部門對機構的人、財、物有高度的控制。“管辦不分離”使行政機關不具有獨立的法人地位，不具有自治屬性。而且，醫療保險經辦機構是有行政級別的，也是行政性的。